《热带海洋学报》为双月刊，主要刊载南海及邻近热带海洋学研究中有关海洋水文、海洋气象、海洋物理、海洋化学、海洋地质与地球物理、海洋沉积、河口海岸、海洋生物、海洋污染与防治、海洋仪器与技术方面的最新研究成果和学术论文以及反映最新学科前沿动态的综述性文章。

近年来本刊刊发的文章绝大多数是国家和有关省、部委下达的重大科研项目的研究结果，其中包括国家攻关项目，国家自然科学基金重大、重点项目，国家海洋863计划项目，中国科学院知识创新工程项目，国家126专项，国家重大基础性研究计划项目（973）等等。

《热带海洋学报》积极扩大对外交流，向国外同行宣传我国热带海洋科学研究的最新成果和信息。目前本刊已与世界14个国家和地区的125个单位建立了刊物交换关系。
《热带海洋学报》是中国自然科学核心期刊，《中国学术期刊综合评价数据库》、《中国科学引文数据库》、《万方数据——数字化期刊群》来源期刊，已为《中国学术期刊（光盘版）》和《中国期刊网》全文收录，并已入选中国期刊方阵；同时，《热带海洋学报》还被美国《化学文摘》和《水科学与渔业文摘》、俄罗斯《文摘杂志》、日本《科学技术文献速报》及英国《动物学记录》收录为源期刊。

1997年获评广东省优秀科技期刊一等奖

2000年被评为中国科学院优秀科技期刊二等奖

2001年进入中国期刊方阵

2.首页脚注内容包括：①收稿日期：（空8格）；修订日期：②基金项目：（省、部级以上的基金课题或其它重点项目成果的论文，请注明课题类别及批准号；多项基金项目应依次列出）。③作者简介：姓名（出生年—），性别，民族（汉族可省略），籍贯，职称，学位，研究方向。另外请提供联系电话或E-mail地址。

3．层次标题分成3级，每个标题一般不超过15个字。1小4宋左顶格，空1格后排标题，上下各空1行1.15黑左顶格，空1格后排标题1.1.15宋左顶格，空1格后排标题

4．英文摘要的作者姓名及中国人名、地名均采用汉语拼音，姓前名后分写，姓全大写，复姓连写；名的首字母大写，双名中间加连字符,音节界限有混淆的可加隔音号“’”。

5．文中插图要求内容准确、清晰，大小、繁简适宜，精度足够高（线条圆滑，不出现锯齿状,精度在600像素/英寸以上）。凡涉及南海及邻近区域的图件应采用地图出版社出版的最新版本作底图。要求成图后图上的字母、数字及汉字均为6号（7.5磅），汉字用宋体，数字和字母用TimesNewRoman字体。文中表格均采用三线表。表名及图名需中、英文对照。图、表及其中英文题名均需插排在文中相应位置。

6．文中外文字母、符号必须分清大、小写，正、斜体；上下角文字、字母、数码和符号，其位置高低应区别明显；中文应采用国家正式公布之简化汉字。要严格使用国家法定计量单位；对常用的计量单位，尽量使用单位符号。

7．参考文献只列主要的,采用顺序编码制标注文献，即按引用文献出现的先后顺序连续编码，并将序码并列于行文中或置于右上角。参考文献的作者如是3名以内则全部列出；超过3名，则在第3名后加“等”或“etal”。西文文献中的作者姓名，姓用全大写，名缩写并略缩写点，全部作者均姓前名后著录；东方人名的英文均用全称，不能缩写。
参考文献著录格式如下：

（1）专著（含图书、学位论文、技术报告、会议文集、汇编等）（文献标识码分别为M、D、R、C、G）：主要责任者．文献题名[标识码]．(译者).出版地:出版者，出版年．起止页码.

（2）学位论文(文献标识码为D)：责任者．文献题名[D]．保存地：保存者，年份.

（2）期刊文章：主要责任者．论文题名[J]．刊名，年，卷（期）：起止页码.

（3）专著中的析出文献：析出文献主要责任者.析出文献题名[M]//源文献主要责任者及题名.出版地:出版者，出版年．起止页码.

（4）国际、国家标准：标准编号，标准名称[S].